Vào ngày 11 tháng 5, SechsKies đã ký hợp đồng với YG Entertainment sau cuộc hội ngộ của họ trên Infinite Challenge, ngoại trừ Ko Ji-yong. SechsKies đã tổ chức một buổi hòa nhạc trở lại vào ngày 10 và 11 tháng 9 tại Nhà thi đấu Thể dục dụng cụ Olympic. Sau khi Infinite Challenge lên sóng, SechsKies đã kiếm được nhiều người hâm mộ hơn và vé buổi hòa nhạc trở lại của họ đã được bán hết chỉ trong 5 phút.

Vào ngày 7 tháng 10, SechsKies đã phát hành một đĩa đơn kỹ thuật số mới "Three Words ()", đứng đầu tất cả tám bảng xếp hạng âm nhạc lớn ngay sau khi phát hành, đạt được trạng thái tiêu diệt hoàn toàn. Nó cũng được xếp hạng cao trong các bảng xếp hạng âm nhạc châu Á và iTunes toàn cầu tại Đài Loan và là một trong những bài hát hàng đầu trên bảng xếp hạng iTunes ở Hồng Kông, Singapore, Malaysia, Thái Lan và các quốc gia khác.

Vào ngày 19 tháng 8, Eun tham gia chương trình tạp kỹ ' Flower crew ' của SBS cùng với thành viên Sechs Kies, Lee Jai-jin. Tuy nhiên, họ rời khỏi Flower Crew để tập trung vào các chương trình khuyến mãi của nhóm.

Vào ngày 23 tháng 11, YG đã thông báo rằng album mới của SechsKies sẽ được phát hành vào ngày 1 tháng 12 năm 2016. Album mới " 2016 Re-ALBUM " chứa 10 bài hát hit của SechsKies đã được các nhà sản xuất YG sắp xếp lại và làm lại, và được chuẩn bị đặc biệt quà tặng cho người hâm mộ.

SechsKies tiếp tục chuyến lưu diễn buổi hòa nhạc Yellow Note vào ngày 10 tháng 12 tại Daegu và vào ngày 24 tháng 1225 tại Busan. Vào ngày 31 tháng 10, tất cả các ghế trong buổi hòa nhạc của SechsKies cho tháng 12 đã được bán hết trong vòng vài phút.

Vào ngày 16 tháng 12, YG đã thông báo SechsKies sẽ tổ chức buổi hòa nhạc "Yellow Note Final in Seoul" vào ngày 21 và 22 tháng 1 tại Sân vận động trong nhà Jamsil. Vào ngày 22 tháng 12, tất cả 13.000 vé đã được bán hết trong vòng ba phút.

Vào cuối năm, SechsKies đã giành được một số giải thưởng bao gồm Click! Đại sảnh danh vọng Star Wars Awards, Giải thưởng âm nhạc biểu đồ Gaon lần thứ 6 Đóng góp của Kpop trong năm, Hội trường danh vọng Melon Music Awards lần thứ 8, Giải thưởng biểu diễn nhóm nhạc nam xuất sắc nhất lần thứ 31 và Giải thưởng âm nhạc Seoul lần thứ 26 Bonsang.

2017: Kỷ niệm 20 năm

Vào ngày 16 tháng 2, TvN tuyên bố Eun Ji-won sẽ tham gia chương trình tạp kỹ mới của họ ' The Dynamic Duo '.

Vào ngày 18 tháng 3, Eun tuyên bố mở lại câu lạc bộ fan hâm mộ chính thức '1KYNE'. Vào ngày 28 tháng 3, Eun Ji-Won đã ra mắt fanclub chính thức của mình, ở mức 12 KST, nó đã được mở để đăng ký. Hơn 30.000 người hâm mộ đã đăng nhập vào trang web cùng một lúc khiến trang web bị sập và duy trì trong khoảng một giờ trước khi người hâm mộ có thể đăng ký.

Vào ngày 19 tháng 4, YG đã thông báo rằng album mới của SechsKies " The 20th AnniversaryHọ cũng giành được vị trí số 1 trên KBS Music Bank.

Vào ngày 25 tháng 4, Eun đã phát hành 'Love Song' cho bộ phim OCN 'My Secret Romance' OST.

Vào ngày 4 tháng 5, SechsKies đã tổ chức sự kiện fansign đầu tiên của họ sau 18 năm tại Time Square nằm ở Yeongdeungpo-gu, Seoul. Địa điểm đã có hơn 3.000 người hâm mộ tập trung để xem chúng.

Vào ngày 12 tháng 5, YG đã thông báo rằng SechsKies 'sẽ ra mắt tại Nhật Bản sau 20 năm ra mắt tại Hàn Quốc. Sechskies' album ' Kỷ niệm 20 ' Nhật Bản Edition sẽ được phát hành vào ngày 19. YG công bố Sechskies' sẽ tổ chức Đại hội Nhật Bản Fan đầu tiên của họ tại Yokohama Bay Hall ở Kanagawa vào ngày 23 và tại Namba Hatch ở Osaka vào ngày 3.

Vào ngày 7 tháng 8, YG đã thông báo SechsKies sẽ tổ chức "Buổi hòa nhạc kỷ niệm 20 năm" vào ngày 23 tháng 9 tại Gocheok Sky Dome. Vào ngày 22 tháng 8, tất cả các vé đã được bán hết trong vòng vài phút.

Vào ngày 16 tháng 8, YG đã thông báo Eun Ji Won đã chính thức ký hợp đồng cá nhân với YG Entertainment.